Wangsa Temenggong

Pada 10 Mac 1855, di bawah perjanjian di antara British di Singapura dan Sultan Ali dari Johor, kuasa memerintah Johor memberi kepada Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim dengan Muar masih lagi di bawah kekuasaan sultan. Muar kemudiannya diserahkan kepada Temenggung Ibrahim pada tahun 1877. Temenggung Ibrahim membuka sebuah bandar iaitu Bandar Tanjung Puteri di selatan Johor dan menjadikannya sebagai sebuah bandar utama. Bandar Tanjung Puteri kemudiannya dikenali sebagai Johor Bahru.

Temenggung Ibrahim kemudiannya digantikan oleh anaknya, Temenggung Abu Bakar yang kemudiannya memegang gelaran Seri Maharaja Johor. Pada tahun 1866, dia dilantik menjadi sultan Johor secara rasmi. Sultan Abu Bakar Daeng Ibrahim memperkenalkan sebuah perlembagaan dan menubuhkan sebuah sistem pentadbiran yang cekap dan berkesan. Baginda juga memerintahkan dibinanya Istana Besar, tempat tinggal rasmi sultan. Sultan Abu Bakar kemudiannya dikenali sebagai Bapa Johor Moden.

Pada 11 Disember 1885, Sultan Abu Bakar telah menandatangani perjanjian persahabatan dengan wakil kerajaan British, Sir Frederick Arthur Stanley yang merupakan Setiausaha Tanah Jajahan British. Melalui perjanjian ini, kerajaan British mengiktiraf Johor sebagai sebagai sebuah negeri yang bebas dan berdaulat. Baginda juga diiktiraf sebagai Sultan Johor. Baginda bersetuju menerima seorang pegawai British yang bertugas sebagai Konsul British di Johor dan bukan sebagai penasihat. British juga bersetuju melindungi Johor jika berlaku sebarang ancaman dari luar.

Johor juga menikmati pembangunan ekonomi yang cemerlang. Permintaan lada hitam dan gambir yang tinggi pada kurun ke-19 menyebabkan pembukaan ladang-ladang baru dan kemasukan buruh Cina secara beramai-ramai. Sistem Kangchu dilaksanakan.

Pada 12 Mei 1914, Sultan Sir Ibrahim Al-Masyhur ibni Sultan Abu Bakar telah menandatangani perjanjian dengan Sir Arthur Henderson Young, Gabenor Negeri-Negeri Selat. Dalam perjanjian ini, jawatan Konsul ditukar kepada Penasihat Am. Dengan ini, Douglas Graham Campbell yang merupakan Residen British di Negeri Sembilan yang kelapan telah dilantik sebagai Penasihat Am British pertama di Johor. Ini juga telah menukarkan taraf Johor daripada sebuah negeri yang bebas dan berdaulat kepada sebuah negeri naungan British.[16]

Walaupun Sultan Sir Ibrahim menerima Penasihat Am British, kuasa pemerintahan baginda kekal dan tidak berkurangan seperti raja-raja Melayu yang lain di mana kuasa mereka dikawal oleh Residen dan Penasihat British.[17] Mereka hanya berkuasa terhadap agama Islam dan adat-istiadat Melayu sahaja.

Malaysia dan Johor

Perang Dunia II meletus pada tahun 1939. British yang bertanggungjawab dalam aspek pertahanan Johor dikalahkan dengan mudah oleh tentera Jepun. Jepun menduduki Johor dari tahun 1941 hingga tahun 1945.

Selepas tamatnya peperangan, British kembali ke Johor dan pada tahun 1946, Johor menjadi sebahagian daripada Malayan Union. Nasionalisme Melayu yang diketuai oleh Dato' Onn Jaafar daripada UMNO menyebabkan Malayan Union dibatalkan dan digantikan dengan Persekutuan Tanah Melayu. Tanah Melayu kemudiannya mencapai kemerdekaan pada 31 Ogos 1957 dan kemudiannya pada tahun 1963, Johor adalah salah satu daripada 14 buah negeri yang menyertai Malaysia.